Akcja w Masters of Chakra dzieje się w świecie Naruto, ale około 80 lat przed wydarzeniami w tym serialu.

Wielka wojna miała się już w najlepsze. Większośc, jeżeli nie wszystkie klany walczyła o władzę w swojej wiosce, gdyż ten kto ma władze, ma również potęgę i bogactwo. Wielkie klany walczą o władzę w kraju ognia, lecz także mniejsze, założone przez prostych shinobi radzą sobie w mniejszych terenach. Panowie feudalni sponsorują niektóre z nich, gdyż chcą uzyskac jak najwięcej ziemi podczas wojny. Ty budzisz się w kraju ognia, niedaleko od konohy, słyszysz krzyki,  szczęk uderzania metalu o metal. Podnosisz się i widzisz wielu shinobi walczących między sobą. Nagle widzisz lecący w twoją stronę kunai i padasz na ziemię.
- Nic ci nie jest? - słyszysz głos człowieka który cie przewrócił ratując przed oberwaniem - biegnij na wschód, do wioski, tutaj jest niebezpiecznie dla takiego jak ty.